Sekce pro funkční mapování mozku

Zdravíme fMRI FSL komunitu,

dvě novinky z FSL:

1) V poslední verzi se objevil v repozitářích NeuroDebianu balík pro akceleraci výpočtu pomocí výkonných grafických karet Nvidia. Vlastní zkušenosti bohužel zatím nemáme.

2) Popis a interpretace aktivovaných oblastí mozku je v(d)ěčné téma. Užitečným pomocníkem může být atlas z projektu neurosynth.org (viz tam) zabalíčkovaný pro Debian, a sice v "lehké" a "plné" verzi. V popisu balíku se uvádí:

Description: neurosynth - atlas for use with FSL, all 525 terms
NeuroSynth is a platform for large-scale, automated synthesis of functional magnetic resonance imaging (fMRI) data extracted from published articles.
This package provides an atlas for use with FSL (and FSLview in particular) containing prior and posterior probabilities expressed as z-scores of relevance of corresponding terms to any given brain location.  Statistical maps should correspond to the one currently found on http://beta.neurosynth.org.

fsl-neurosynth-atlas: All 525 terms are included.

Vážení hubramáci,

dovoluji si Vás pozvat na vzdělávací workshop zaměřený na principy fMRI a základy zpracování fMRI dat. Wokrshop proběhne 6.12.2013 v Brně (univerzitní kampus MU, Brno-Bohunice) od 9:00 a bude obsahovat dopolední teoretickou a odpolední praktickou část (v počítačové učebně, zaměření na zpracování fMRI dat v programu SPM). Vstup na akci je zdarma, ale je nutná registrace emailem na adresu michal.mikl@ceitec.muni.cz
Kapacita praktické odpolední části je omezená cca na 20 osob.
Bližší informace v přiložené pozvánce.

jiri.keller odeslal(a) tento e-mail ze stranek HuBraM.

Vážení,
omlouvám se za nevyžádanou poštu, jen připomínám těm, kteří
odkládali své rozhodutí, že seznam zájemců o trička se bude uzavírat
již v pondělí 13.3. !! Neváhejte a pište - soukromé zprávy,
komentáře, maily ...

s pozdravem
Jiří Keller

Vážení Hubramáci,

přijměte pozvání na vzdělávací fMRI workshop se zaměřením na konektivitu, který bude realizován v Brně 4.4.2013 od 8:00 h do 12:00 h. Tato akce je spolupořádaná naší sekcí a přímo předchází 9. mezinárodnímu olomouckému fMRI workshopu, který začíná tentýž den cca od 17:00. Z Brna do Olomouce jsou poměrně rozumné možnosti přesunu autobusem, vlakem nebo automobilem.

Místo konání: Univerzitní kampus MU, budova INBIT, velká zasedací místnost, Kamenice 34, Brno.

Workshop bude zaměřen na magisterské i doktorské studenty a začínající výzkumníky v oblasti fMRI bez
ohledu na primární oblast vzdělání. Předpokládá se však určitá základní znalost/představa
o problematice funkčního mapování pomocí fMRI, protože obecné základy budou
zmíněny jen ve velmi omezené míře a většina prostoru bude věnována konektivitě.

Podrobný program zde bude následně doplněn. Přiložena je pozvánka v PDF s programem workshopu.

Účast na workshopu je bezplatná, ale prosíme o registraci na emailovou adresu michal.mikl@ceitec.muni.cz

Roles: authenticated user

Vážení hubramáci,

pokud sledujete dění v naší sekci, tak jste jistě postřehli, že na plenární schůzi konané během neurofyziologického sjezdu v Martině byla odsouhlasena pravidla voleb a byli navrženi kandidáti (viz. související zápis). Následně začala realizce voleb do rady sekce pro funkční mapování mozku ČSKN ČLS JEP (HuBraM). Dne 20. 12. 2012 oznámila volební komise pod vedením Marka Bartoně výsledky voleb. Do rady byli zvoleni (v abecedním pořadí):

• Milan Brázdil
• Petr Hluštík
• Jiří Keller
• Michal Mikl
• Irena Rektorová

Zvolením rady sekce tak končí činnost přípravného výboru.

S přáním pěkných vánoc a úspěšného vstupu do roku 2013

Michal Mikl

předseda přípravného výboru sekce

Vzhledem k neutuchajícímu zájmu čínských spammerů o náš server mne už přestalo bavit ruční promazávání účtů a rozhodl jsem se zakročit. Odříznout ČLR od přístupu k HuBraMu nechci a tudíž byla na výběr nějaká CAPCHA. Rozhodl jsem se pro jednoduchý Turingův stroj, který zájemce o registraci "zkouší" ze základních zkratek, které potenciální zájemce o klinickou neurofyziologii buď běžně znají a používají, nebo budou schopni vyhledat. Pokud budou roboti moc chytří, budeme muset zavést obrázkovou Capcha, která ukáže fMRI aktivaci a uživatel bude muset popsat její anatomickou lokalizaci ;-) Hezké léto přeje

Jirka Keller

Vážení hubramáci,

dovoluji si vás pozvat na vzdělávací workshop, který budeme realizova 25.4.2012 v Brně (posluchárna neurologické kliniky, budova C, FN u sv. Anny, Pekařská 53, Brno). Začátek workshopu bude v 9:00 a předpokládaný konec mezi 13:00 a 14:00. Uprostřed bude přestávka se zajištěním (snad) nějakého občerstvení.
Obsah workshopu by měl pokrát následující témata: Princip fMRI, základní i pokročilá analýza fMRI dat (GLM/SPM, ICA), konektivita, artefakty a šum ve fMRI, modelování HRF, základy EEG-fMRI a související. V nejbližších dnech zde a na http://fmri.mchmi.com zveřejníme podrobnější program. Workshop bude směřován především pro PHD studenty, začínající výzkumníky v oblasti fMRI a další osoby, které se o fMRI (a zejména analýze fMRI dat) chtějí něco více dovědět a nyní mají jen základní povědomí.
Účast na akci je zdarma, ale prosíme o registraci z důvodu kapacity. Registrujte se emailem (michal.mikl@ceitec.muni.cz) s uvedením svého jména a instituce.

Milá kolegyně, milý kolego,

v souvislosti se založením HuBraM sekce ČSKN ČLS JEP na fMRI workshopu v Olomouci se chystáme pro zájemce zprostředkovat nákup trička s logem
HuBraM, tak jak jsou zobrazena na hrudích pionýrů naší sekce. Aktuálně je možno si objednat tričko s následujícími příznaky:

• odlišného střihu pro mužskou a ženskou postavu:  M/F;
• velikosti: S/M/L/XL/XXL/XXXL/XXXXL;
• barva černá (doporučená) nebo bílá: B/W;
• tiskem loga vpředu nebo vpředu i na zádech:  SS/DS;
• kvality materiálu biobavlna vs. obyč.: 1/2.

Možná máte výborný nápad jak lépe zpracovat data, která ukazují na falešné korelace v „resting state“ funkční konektivitě (Jonathan D. Power, et al. Spurious but systematic correlations in functional
connectivity MRI networks arise from subject motion, NeuroImage, Volume 59, Issue 3, 1 February 2012, Pages 2142-2154)?

Nevěšte hlavu, autoři data uvolnili a můžete je nalézt zde společně s dalšími, víc než tisíci, záznamy v projektu ‘1000 Functional Connectomes’ http://fcon_1000.projects.nitrc.org/.

Pokud nabízíte kvalitní data, přidejte se.