Vážení Hubramáci,

přijměte pozvání na vzdělávací workshop s tématem pokročilého fMRI, který se bude konat v Brně 9.4.2015 a bude přímo předcházet 11. olomouckému fMRI workshopu. Bližší informace jsou uvedeny v přiložené PDF pozvánce. Tématicky je program zaměřen na potlačení pohybových a fyziologických artefaktů, využití záznamu fyziologických dějů ve fMRI, různé problémy při zpracování fMRI dat (zejména analýze konektivity) a možnosti jejich řešení atd.

S pozdravem
Michal Mikl

9. - 10. 4. 2015 se koná olomoucký fMRI workshop,
pořádaný ve spolupráci s naší Sekcí pro funkční mapování mozku. 

Uzávěrka přihlášek je 15. 3. 2015.

Pozvaným řečníkem bude Prof. Giovanni
Buccino z Univ. Parma a Uni.
Catanzaro, známý studiemi pozorování akce / zrcadlových neuronů. Prof.
Buccino má h-index 30.

Petr Hluštík

Vážení hubramáci,

dovoluji si Vás pozvat na pravidelný vzdělávací fMRI workshop pořádaný vždy na podzim v Brně, tenktokráte v termínu 14.11.2014. Workshop proběhne v budově A35 (oválná budova CEITEC, vstup z ulice Studentská) univerzitního kampusu Bohunice od 9:00 - zasedací místnost 145. Odpolední praktická část bude realizována v počítačové učebně IBA, budova A1, 6. patro. Bližsí informace jsou na pozvánce v příloze.


Za organizátory

Michal Mikl

Vážení hubramáci,

Masarykova univerzita, CEITEC MU, laboratoř multimodálního a funkčního zobrazování (MAFIL) nabízí pro externí zájemce realizaci projektů v nově vybudované elektrofyziologické laboratoři s 256 kanálovým EEG systémem. Další informace jsou v přiloženém souboru.

Do 31.10. je možné podávat žádosti k měření v rámci Open Access projektu, kdy získá výzkumník měřící čas včetně technické spolupráce na měření zdarma. Bližší informace k využití Open Access jsou na http://www.ceitec.cz/projekt-ceitec-open-access/t1368

Případné dotazy stran technického zajištění a možností může zodpovědět Ing. Pavel Daniel (pavel.daniel@ceitec.muni.cz ) nebo Ing. Martin Kojan (martin.kojan@ceitec.muni.cz) .

S pozdravem

Michal Mikl

Vážení kolegové a příznivci data-analytických krás,

Dovolujeme si Vás pozvat na letošní letní školu matematické biologie, která se uskuteční od 9. do 12. září 2014 v nově zrekonstruovaném Kaprálově mlýně v lůně přírody nedaleko Ochoze u Brna. Letošní jubilejní 10. ročník letní školy bude věnován následujícímu ústřednímu tématu: "Analýza a zpracování obrazových dat v neurovědách --- Image Data Analysis and Processing in Neuroscience". Vedle lektorů z řad vyučujících IBA MU pro vás zajistí zajímavé přednášky a cvičení také odborníci z Fakultní nemocnice Brno, ze Středoevropského technologického institutu CEITEC, z pražské techniky ČVUT a dále také ze zahraničí: prof. Giovanni Montana z Velké Británie a Dr. René Mandl z Holandska.

V repozitářích neurodebianu jsem náhodou nalezl balíček virtual-mri-nonfree. Tento balíček je k dispozici i pro Ubuntu. Pokud tedy používáte operační systém GNU/Linux vycházející z Debianu (Debian, NeuroDebian, Ubuntu, Mint atd), stačí napsat apt-get install virtual-mri-nonfree a spustit program virtual-mri. Uživatelé Windows a Mac OS X mohou program stáhnout na stránkách projektu - je v Javě a tudíž by s instalací neměl být problém. Aplikace je z roku 2006, ale stále pěkná !
Pokud kliknete na druhou ikonku vpravo nahoře, místo fantomu budete měřit mozek (měří se příkazem start). Existují nástroje pro program imagej, kterými můžete předpřipravit vlastní data - to se mi ale zatím nepodařilo rozchodit - pokud se vám podaří, podělte se v diskuzi ! Přeji dobrou zábavu !

Vážení hubramáci,

přijměte pozvání na Vzdělávací workshop – morfometrické metody a jejich přesah k funkčnímu zobrazování mozku, který se uskuteční  27. března 2014 od 9:00 h v Univerzitním kampusu MU, budova INBIT, velká zasedací místnost, Kamenice 34, Brno.

Workshop bude zaměřen na magisterské i doktorské studenty a začínající výzkumníky v oblasti neurozobrazování a funkčního mapování mozku bez ohledu na primární oblast vzdělání. Předpokládá se však určitá základní znalost/představa o problematice funkčního mapování mozku či obecně zobrazování pomocí MR tomografu. Velká část workshopu bude věnována morfometrickým metodám (voxel based morfometrie apod.) a dále přesahům a návaznostem mezi morfometrickými přístupy (resp. informace získanými z analýzy strukturních snímků) a funkčním mapováním mozku.

Tematicky bude workshop pokrývat tyto oblasti:
•    Základní principy morfometrických metod
•    Předzpracování strukturních (anatomických) snímků pomocí software SPM
•    Voxel-based morphometry (VBM), Source-based morphometry (SBM), Deformation-based morphometry (DBM)

Úvod

Stránka HuBraM.cz podporuje přihlášení pomocí OpenId. V praxi to znamená, že nemusíte pracně vymýšlet nové neprůstřelné heslo, ale že je možné ověřovat identitu pomocí třetí strany. Tou je typicky Váš poskytovatel e-mailu. Jak to v praxi funguje ?

Kliknete na odkaz "přihlásit pomoci OpenID" (vlevo pod přihlašovacím okénkem). Systém se vás zeptá na OpenID. Následuje přepojení na poskytovatele Vašeho emailu, který se zeptá na vaše heslo (to ale na náš server nepošle) a zda se opravdu chcete přihlásit na
HuBraM. Pokud máte v jiném okně otevřené webové rozhraní mailu, ani na to heslo se nezeptá. V dalším kroku jenom odpoví HuBraMu, že jste to vy.

Jak se jednoduše zaregistrovat

1. Dejme tomu, že máte e-mail jan.novak@seznam.cz (stejně to funguje pro email.cz, post.cz, spoluzaci.cz, stream.cz, firmy.cz). Vaše OpenID je potom jan.novak.id.seznam.cz (viz
   • WWW HuBraM
   • Netýká se konkrétní modality
   • Pro možnost psaní komentářů se přihlašte nebo zaregistrujte.
   • Číst dál

Zdravíme fMRI FSL komunitu,

dvě novinky z FSL:

1) V poslední verzi se objevil v repozitářích NeuroDebianu balík pro akceleraci výpočtu pomocí výkonných grafických karet Nvidia. Vlastní zkušenosti bohužel zatím nemáme.

2) Popis a interpretace aktivovaných oblastí mozku je v(d)ěčné téma. Užitečným pomocníkem může být atlas z projektu neurosynth.org (viz tam) zabalíčkovaný pro Debian, a sice v "lehké" a "plné" verzi. V popisu balíku se uvádí:

Description: neurosynth - atlas for use with FSL, all 525 terms
NeuroSynth is a platform for large-scale, automated synthesis of functional magnetic resonance imaging (fMRI) data extracted from published articles.
This package provides an atlas for use with FSL (and FSLview in particular) containing prior and posterior probabilities expressed as z-scores of relevance of corresponding terms to any given brain location.  Statistical maps should correspond to the one currently found on http://beta.neurosynth.org.

fsl-neurosynth-atlas: All 525 terms are included.