Sekce pro funkční mapování mozku

Vážení hubramáci,

přijměte pozvání na Vzdělávací workshop – morfometrické metody a jejich přesah k funkčnímu zobrazování mozku, který se uskuteční  27. března 2014 od 9:00 h v Univerzitním kampusu MU, budova INBIT, velká zasedací místnost, Kamenice 34, Brno.

Workshop bude zaměřen na magisterské i doktorské studenty a začínající výzkumníky v oblasti neurozobrazování a funkčního mapování mozku bez ohledu na primární oblast vzdělání. Předpokládá se však určitá základní znalost/představa o problematice funkčního mapování mozku či obecně zobrazování pomocí MR tomografu. Velká část workshopu bude věnována morfometrickým metodám (voxel based morfometrie apod.) a dále přesahům a návaznostem mezi morfometrickými přístupy (resp. informace získanými z analýzy strukturních snímků) a funkčním mapováním mozku.

Tematicky bude workshop pokrývat tyto oblasti:
•    Základní principy morfometrických metod
•    Předzpracování strukturních (anatomických) snímků pomocí software SPM
•    Voxel-based morphometry (VBM), Source-based morphometry (SBM), Deformation-based morphometry (DBM)

Zdravíme fMRI FSL komunitu,

dvě novinky z FSL:

1) V poslední verzi se objevil v repozitářích NeuroDebianu balík pro akceleraci výpočtu pomocí výkonných grafických karet Nvidia. Vlastní zkušenosti bohužel zatím nemáme.

2) Popis a interpretace aktivovaných oblastí mozku je v(d)ěčné téma. Užitečným pomocníkem může být atlas z projektu neurosynth.org (viz tam) zabalíčkovaný pro Debian, a sice v "lehké" a "plné" verzi. V popisu balíku se uvádí:

Description: neurosynth - atlas for use with FSL, all 525 terms
NeuroSynth is a platform for large-scale, automated synthesis of functional magnetic resonance imaging (fMRI) data extracted from published articles.
This package provides an atlas for use with FSL (and FSLview in particular) containing prior and posterior probabilities expressed as z-scores of relevance of corresponding terms to any given brain location.  Statistical maps should correspond to the one currently found on http://beta.neurosynth.org.

fsl-neurosynth-atlas: All 525 terms are included.

Vážení hubramáci,

dovoluji si Vás pozvat na vzdělávací workshop zaměřený na principy fMRI a základy zpracování fMRI dat. Wokrshop proběhne 6.12.2013 v Brně (univerzitní kampus MU, Brno-Bohunice) od 9:00 a bude obsahovat dopolední teoretickou a odpolední praktickou část (v počítačové učebně, zaměření na zpracování fMRI dat v programu SPM). Vstup na akci je zdarma, ale je nutná registrace emailem na adresu michal.mikl@ceitec.muni.cz
Kapacita praktické odpolední části je omezená cca na 20 osob.
Bližší informace v přiložené pozvánce.

Vážení Hubramáci,

přijměte pozvání na vzdělávací fMRI workshop se zaměřením na konektivitu, který bude realizován v Brně 4.4.2013 od 8:00 h do 12:00 h. Tato akce je spolupořádaná naší sekcí a přímo předchází 9. mezinárodnímu olomouckému fMRI workshopu, který začíná tentýž den cca od 17:00. Z Brna do Olomouce jsou poměrně rozumné možnosti přesunu autobusem, vlakem nebo automobilem.

Místo konání: Univerzitní kampus MU, budova INBIT, velká zasedací místnost, Kamenice 34, Brno.

Workshop bude zaměřen na magisterské i doktorské studenty a začínající výzkumníky v oblasti fMRI bez
ohledu na primární oblast vzdělání. Předpokládá se však určitá základní znalost/představa
o problematice funkčního mapování pomocí fMRI, protože obecné základy budou
zmíněny jen ve velmi omezené míře a většina prostoru bude věnována konektivitě.

Podrobný program zde bude následně doplněn. Přiložena je pozvánka v PDF s programem workshopu.

Účast na workshopu je bezplatná, ale prosíme o registraci na emailovou adresu michal.mikl@ceitec.muni.cz

Vážení hubramáci,

dovoluji si vás pozvat na vzdělávací workshop, který budeme realizova 25.4.2012 v Brně (posluchárna neurologické kliniky, budova C, FN u sv. Anny, Pekařská 53, Brno). Začátek workshopu bude v 9:00 a předpokládaný konec mezi 13:00 a 14:00. Uprostřed bude přestávka se zajištěním (snad) nějakého občerstvení.
Obsah workshopu by měl pokrát následující témata: Princip fMRI, základní i pokročilá analýza fMRI dat (GLM/SPM, ICA), konektivita, artefakty a šum ve fMRI, modelování HRF, základy EEG-fMRI a související. V nejbližších dnech zde a na http://fmri.mchmi.com zveřejníme podrobnější program. Workshop bude směřován především pro PHD studenty, začínající výzkumníky v oblasti fMRI a další osoby, které se o fMRI (a zejména analýze fMRI dat) chtějí něco více dovědět a nyní mají jen základní povědomí.
Účast na akci je zdarma, ale prosíme o registraci z důvodu kapacity. Registrujte se emailem (michal.mikl@ceitec.muni.cz) s uvedením svého jména a instituce.

Možná máte výborný nápad jak lépe zpracovat data, která ukazují na falešné korelace v „resting state“ funkční konektivitě (Jonathan D. Power, et al. Spurious but systematic correlations in functional
connectivity MRI networks arise from subject motion, NeuroImage, Volume 59, Issue 3, 1 February 2012, Pages 2142-2154)?

Nevěšte hlavu, autoři data uvolnili a můžete je nalézt zde společně s dalšími, víc než tisíci, záznamy v projektu ‘1000 Functional Connectomes’ http://fcon_1000.projects.nitrc.org/.

Pokud nabízíte kvalitní data, přidejte se.

Vážení HuBraMáci,v návaznosti na příspěvek ke škole klinické neurofyziologie a snahu o zpřístupnění vzdělávacích materiálů si dovolím zmínit akci, která proběhla v Brně v prosinci 2010. Jelikož fMRI výzkum v Brně slavil v roce 2010 již desetileté výročí, uspořádali jsme seminář, na němž byly představeny průřezově témata, kterými se nerozobrazovací brněnský tým zabýval, následovaný vzdělávacím workshopem, na němž jsme se snažili vysvětlit principy funkční magnetické rezonance, základní i některé pokročilé přístupy v analýze fMRI dat a témata z analýzy konektivity. Prezetnace ze vzdělávací části jsou nyní pro členy HuBraMu přístupné pod správcem souborů v adresáři users/10 let fMRI v Brně a přímé odkazy jsou umístěné i v tomto článku.

Vážení HuBraMáci,

V současné době jsou k dispozici následující oblasti zájmu:

Česká radilogická společnost ve spolupráci s IKEM a Nemocnicí na Homolce pořádá v termínu 14.12.2011 - 16.12.2011 workshop pro radiologické auditorium. Obsahem workshopu je teorie a praxe MR spektroskopie a funkčního MR zobrazování pro radiology. V době psaní tohoto článku byla kapacita worshopu naplněna. Další informace nalezneta na stránkách České radiologické společnosti.